據研究，阿法替尼具有可預測且可控制的副作用。然而，與其他藥物一樣，它具有特定的不良反應事件特征。最常見的不良反應事件是腹瀉和皮疹/痤瘡，分別發生在88％和82％的患者中。

　　皮膚科：

　　痤瘡樣皮疹（小于或等于70％至90％）；

　　皮疹（小于或等于70％至90％）；

　　甲溝炎（11％至58％）；

　　干皮病（31％）、瘙癢癥（10％至21％）；

　　唇炎（12％）；

　　內分泌與代謝：

　　血清鉀降低（11％至30％）；

　　體重減輕（17％）；

　　低鉀血癥（11％）；

　　胃腸道：

　　腹瀉（75％至96％）；

　　口腔炎（30％至71％）；

　　食欲下降（25％至29％）；

　　惡心（21％至25％）；

　　嘔吐（13％至23％）；

　　泌尿生殖系統：

　　膀胱炎（13％）；

　　血液學和腫瘤學：

　　淋巴細胞異常（減少：38％；3/4級：9％）；

　　白細胞計數減少（12％；3/4年級：1％）；

　　肝臟：

　　血清ALT升高（10％至54％）；

　　血清堿性磷酸酶升高（34％至51％）；

　　血清AST升高（7％至46％）；

　　肝功能檢查異常（6％至18％）；

　　血清膽紅素升高（3％至16％）；

　　眼科：

　　結膜炎（11％）；

　　腎臟：

　　肌酐清除率降低（49％）；

　　呼吸系統：

　　鼻出血（17％）；

　　鼻漏（11％）；

　　各種各樣的：

　　發燒（12％）；

　　1％至10％的患者出現以下副作用。

　　中樞神經系統：

　　疲勞（低于2％）；

　　皮膚科：

　　指甲疾病（3％至9％）；

　　掌跖紅腫感覺（2％至7％）；

　　眼科：

　　角膜炎（小于或等于2％）；

　　腎臟：

　　腎功能不全（6％）；

　　呼吸系統：

　　間質性肺疾病（2％）；

　　呼吸困難（低于2％）；

　　研究報道了兩例阿法替尼治療期間發生間質性肺炎的病例。第一例是一名58歲男性，患有晚期肺腺癌。該患者具有以下EGFR突變：外顯子18G719X和外顯子20S781I。開始阿法替尼治療68天后，患者出現呼吸急促和發燒癥狀。患者接受了經驗性抗菌藥物和低劑量糖皮質激素的治療。未診斷出阿法替尼誘發的間質性肺炎。患者在出現癥狀15天后因肺部炎癥死亡。

　　第二個病例是一名57歲男性，患有晚期肺腺癌。該患者有以下EGFR突變：外顯子21L861Q。開始阿法替尼治療22天后，患者出現呼吸急促和發燒癥狀。患者接受了經驗性抗菌治療，五天后，患者接受了CT掃描，顯示肺部炎癥。該患者被診斷為阿法替尼誘發的間質性肺炎，并及時接受糖皮質激素治療，肺炎很快得到緩解。研究人員得出的結論是，臨床醫生需要對罕見的阿法替尼誘發的間質性肺炎保持警惕，并及時用糖皮質激素治療。

　　阿法替尼仿制藥目前上市的有印度NATCO的Afanat，孟加拉碧康制藥的Afanix。NATCO制藥在印度市場上推出了多款知名藥品品牌的仿制藥，阿法替尼仿制藥Afanat也是其中之一。使用仿制藥版本時仍需遵循醫生的建議和指導。